Naturen i Skuleskogen präglas av dom stora nivåskillnader som finns i området. Dom berg som finns en bit in mot land är 300 meter höga medans havsbotten utanför är 70 meter djupt. Det är nästan bara i fjällskjedjan man kan hitta motsvarande nivåskilnader i Sverige.

Bergen lyser vackert rött i Skuleskogen och detta beror på att bergrunden till stor del består av Rapakivigranit, eller Nordingrågranit som den också kallas ibland. Rapakivi är finska och beteyder ungefär “rutten sten” och det kommer troligen av att dom stora kristallerna lätt vittrar och gör bergrunden porös. När bergen vittrar uppstår stora plana, trappliknande avsatser som är en väldigt vanlig syn i området. Issprängningar och havets påverkan på berget har gett Skuleskogen dess sprickor och anmärkningsvärda karaktär.

Det är främst gles vindpinad hällmarkstallskog som växer på bergen i Skuleskogen, dock växer det tätare och kraftigare granskog i dom skyddande dalgångarna och på topparna av dom så kallade kallotbergen som är vanliga i området. Skogen är orörd sedan 90 till 130 år tillbaks och denna gamla skog har gett förutsättningar för många djurarter som kräver orörd och gammal skog tex hackspettar som är representerade i området. Även landets samtliga hönsfåglar, orre, tjäder, dalripa och järpe finns i skogarna.

Skuleskogen är ett växtgeografiskt gränsland där många växter har sina sydliga respektiva norliga gränser. Några exempel på sydliga växter som har sin nordliga gräns just här är lönn och hassel som växer på sydsluttningarna i området. Fjällnejlika och björnbrodd är två exempel på växer som man offtast finner i mer västliga marken men som även här finns representerat så långt österut. I övrigt kan också nämnas att man på två ställen i nationalparken har hittat den mycket sälsynta okidéen skogsfrun som hotas främst av skogsdikning, avverkning och markskador.